Attivit' Scientifica


La Fondazione, opera prevalentemente alle ricerche nel settore delle Nanotecnologie e della Biotecnologie Avanzate.

La Fondazione El.B.A. è organizzata attualmente in Italia con laboratori di ricerca a Roma, Sassari (in via di apertura) ed uno a Genova, che si è integrato nel NanoWorld Institute, mentre su Roma rimangono localizzate le strutture amministrative. Ha inoltre consolidato la sua presenza nel mondo, coinvolgendo in una rete internazionale dieci Centri di Eccellenza a livello mondiale negli Stati Uniti, Europa e Russia ed altrettanti scienziati di fama internazionale a capo degli stessi raggruppati in un unico Comitato Scientifico Internazionale. Tali scienziati di altissimo prestigio sono da tempo associati con la Fondazione nella programmazione, coordinamento e conduzione delle attività.

L'attività è proseguita sui nuovi nanodispostivi elettronici e suoi nuovi nanomateriali di origine organica o biologica. Sono quindi proseguite le attività di ricerca condotte durante gli ultimi anni in collaborazione con altri enti di ricerca ed imprese.
Da sottolineare la proficua collaborazione col Microfocus Beamline di Grenoble all’European Synchrotron Radiation Facility, guidato dal Professor Christian Riekel, con il Prof. Norbert Hampp (Marburg University), con il Prof. Joshua Labaer dell'Harvard Institute of Proteomics, oltre con Istituti dell'Accademia delle Scienze Russe. Nel corso del 2003 sono state condotte una serie di attività che si possono raggruppare nelle classi qui riepilogate. Una particolare attenzione é stata rivolta alla applicazione di un metodo innovativo, messo a punto lo scorso anno, per la risoluzione la struttura di una proteina non ancora risolta: la protein Kinase CK2.

La struttura tridimensionale di questa proteina di forte valenza scientifica e farmaceutica e stata risolta ed analizzata al livello atomico con i metodi di riduzione dei dati cristallografici. Inoltre, la ricerca condotta questo anno nel settore nuovo di nanocristallografia rivela che il nuovo metodo basato sul nanotecnologie permette di ottenere i cristalli di proteine più resistenti ai raggi X, in particolare alla radiazione di sincrotrone, che quelli prodotti con i metodi classici.

Ellipsometer

Nanocristallografia e Proteomica


Di recente è iniziata l’attività relativa allo sviluppo ed all’ottimizzazione di un nuovo metodo per la cristallizzazione delle proteine, basato su nanotecnologie. Le proteine scelte per la ricerca sono di forte valenza scientifica ed industriale, come ad esempio il citocromo P450scc o la kinase CK2. Il metodo descritto in nostre pubblicazioni dello scorso anno è basato sul film sottile di proteine omologhe e/o eterologhe e consiste in una modifica dei metodi classici a diffusione di vapore, basata sulla nanotechnologia. Recentemente il nuovo metodo è stato perfezionato con lo scopo di una formazione ottimale dei cristalli ed un’accelerazione della crescita degli stessi. Il nuovo approccio che permette la formazione di microcristalli di proteine kinasi umane non ottenibili con i metodi classici, stabili alla radiazione a raggi X e utilizzabili per la risoluzione della struttura 3D al livello atomico.
In particolare sono stati processati i set di dati di diffrazione di microcristalli della chinasi CK2alpha 20x20x60 micron ottenuti col metodo basato sulla nanotecnologia a film sottili e attraverso l’esposizione alla radiazione di sincrotrone (Microfocus all’ESRF di Grenoble). Sono state ottenute le mappe della densità elettronica, e, usando la chinasi di Zea Mays come templato, è stata risolta per la prima volta su scala mondiale la struttura tridimensionale della sottounità alfa della chinasi umana CK2 alla risoluzione atomica di 2.4 Angstrom (Ǻ). La struttura atomica è stata caratterizzata con il coefficiente R uguale a 0.209 e Rfree uguale a 0.273, che conferma la precisione del modello nel determinare la struttura risolta. Per inciso, sono state inserite 91 molecole d’acqua nella struttura con una buona stochiometria. La struttura atomica è stata quindi sottoposta nella banca dati internazionale RCSB Protein Databank e depositata in rete web con il codice 1NA7. L’analisi completa della struttura della chinasi umana in confronto della chinasi Zea Mais è stata completata con successo e pubblicata in riviste internazionali del Science Citation Index con grande impact factor. E’ stata inoltre confermata la maggiore resistenza dei cristalli ottenuti col nanotemplato (in particolare quelli di lisozima usati come modello), ai raggi X di alta intensità del fascio di microfocus alla luce di sincrotrone di terza generazione. Durante gli esperimenti e la conseguente riduzione dei dati è stato scoperto un fatto importante: cristalli e microcristalli ottenuti con il nanotemplato appaiono più stabili alla radiazioni a raggi X anche quelli prodotti da sincrotroni di terza generazione con il fascio molto focalizzato ed intensissimo (Microfocus dell’ ESRF, fra 20x20 e 5x5 micron). Visto che il problema relativo ad un rapido decadimento degli spettri di diffrazione con questo fascio non è stata ancora risolta, il metodo sviluppato si dimostra molto utile non solo per la cristallizzazione ma anche per il miglioramento della qualità e la stabilità del cristalli e microcristalli ottenuti attraverso il nanotemplato.

Per approfondire l’interpretazione fisica del fenomeno, necessaria per spiegare come il templato influenza la formazione dei cristalli, e per svolgere la successiva ricerca con l’obiettivo di sviluppare una procedura generalizzata di cristallizzazione di proteine, è stato condotta con successo al Microfocus ESRF una serie di esperimenti sulla crescita di cristalli attraverso un metodo innovativo su scala mondiale (microGISAX) che ha consentito di chiarire i meccanismi di cristallizzazione con e senza nanotemplati di proteine.

In conclusione, il nuovo settore delle nanotecnologie da noi introdotto come “nanocristallografia”, che include nanotecnologie a film sottili, AFM, nanogravimetria e Luce di Sincrotrone altamente focalizzata, ha già avuto riconoscimenti internazionali (vedi brevetti e pubblicazioni internazionali, e libri punto di riferimento per la comunità scientifica internazionale del settore).


 

X-ray Diffractometer

Nanoarchitetture Organiche

Una serie di attività sono state condotte in questo settore, in particolare:


Nanoparticelle e Dispositivi

In questo settore la ricerca segue tre filoni paralleli:

1. Utilizzo delle nanoparticelle per dispositivi monoelettronici.

Seguendo una metodica completamente differente rispetto alle ricerche precedenti, si sono incominciati a produrre, in collaborazione con la Università di Genova, nanocontatti di rame, giungendo a misurare conducibilità quantiche nei nanocontatti in formazione. Sono stati caratterizzati sia i nanocontatti puliti sia i nanocontatti dove siano state successivamente depositate con la tecnica LS nanoparticelle di Solfuro di Cadmio. Si è misurata una conducibilità delle giunzioni ottenute con queste nanoparticelle. Tali misure sono attualmente sotto analisi e pare, dalle prime indagini, che si sia riscontrata conducibilità a singolo elettrone su questi dispositivi. Nell'immediato futuro si procederà a creare giunzioni anche utilizzando nanoparticelle di solfuro di rame.


2. Utilizzo delle nanoparticelle per Biosensori.

L'attività concerne all'impiego del citocromo P450 quale principio attivo per la misura del colesterolo. In particolare, quest'anno si è realizzato un brevetto allo scopo di proteggere la tecnologia. Si è proseguito lo studio verso una semplificazione dell'elettrodo sensibili mediante l'introduzione delle nanotecnologie. In quest'ultimo campo, si è definito un nuovo modello impedenziometrico del sistema in modo di poter stimare il così detto "electron-transfer rate" ed è intenzione proseguire la ricerca al fine di caratterizzare da un punto di vista della fisica del trasferimento elettronico il sistema dell'elettrodo con, anche, la finalità di comprendere il migliore sistema di ottimizzazione dello steso mediante l'impiego di nanostrutture (nanoparticelle, nanotubi, etc)

3. Elettronica Molecolare

Vengono condotte diverse ricerche, quali quelle su nanocontatti utilizzando monostrati di polimeri conduttori, in particolare la POAS, e piezoelettrici, quelle su celle fotovoltaiche organiche di nuova concezione e rivoluzionarie batterie polimeriche sia ibride che organiche per l’elettronica di consumo

DNA Chip e Protein Chip

Vengono ottimizzati l’hardware ed il software del prototipo industriale DNASER acquisito dal PNB per studi di nanogenomica. Tali studi si propongono di ottenere la correlazione tra i cambiamenti morfologici, soprattutto a carico del citoscheletro, e il profilo di espressione genica di 3 linee cellulari quali: CHO clone K1(Chinese Hamster Ovary fibroblasts), HeLa , Wi38. Questa correlazione sarà molto utile in studi di biocompatibilità e ingegneria tissutale. A tal fine sono stati testati diversi substrati (collagene, TCP, lisina e polyHEMA) e si e’ proceduto a saggi di adesione e crescita. Al fine di ottenere anche un dettagliato profilo di espressione genica ho definito la strategia più opportuna per ottenere microarray. Il protocollo definito prevede :

Tipicamente con questa tecnologie viene studiato l’intero genoma umano comprendente oltre 35000 geni, per inciso la Fondazione è molto attiva nella bioinformatica sia di proteine che di geni ivi incluso lo sviluppo di nuovo software e di nuovi algoritmi predittivi che stanno trovando un grande consenso a livello internazionale. Questo settore è di frontiera nella futura medicina sia nella diagnostica che nel trattamento dell’uomo. A questo fine numerose collaborazioni sono in atto con illustri clinici ed istituzioni ospedaliere straniere di primo livello; tali indagini sono in gran parte coperte dalla massima confidenzialità per il loro potenziale impatto sulla salute e l’uomo.

Metalloproteine

Tale attività di ricerca si concentra sulla grande famiglia dei citocromi enzimi critici per il metabolismo ed il catabolismo di tutti i farmaci, oltre che nel processo di produzione catalitica di steroidi (altrettanto critici nella quasi totalità delle patologie umane in contesto clinico ospedaliero).

Particolare attenzione è focalizzata sul citocromo P450scc ma altri filoni di ricerca su altre isoforme di questo interessante citocromo sono in atto.


Attività sul CYP450scc:

Tipicamente vengono condotte analisi biochimiche osservando la risposta elettrochimica, di un citocromo ingegnerizzato, all’interazione con tre differenti forme di colesterolo e precisamente colesterolo libero, HDL e LDL. Comparando il citocromo P450scc K201E al nativo ricombinante si sono osservate comportamenti biochimici differenti nell’interazione con il substrato. I risultati sono apparsi particolarmente incoraggianti, per la applicazione biosensoristica dell’enzima ingegnerizzato, nella determinazione di concentrazioni di colesterolo in un campione da testare.

Il citocromo ingegnerizzato P450K201E e’ stato oggetto di ulteriori studi di caratterizzazione.


Attività sull'isoforma CYP4501A2:

Studi relativi il possibile impiego di isoforme di citocromo P450 quale elementi sensibili di un biosensore per farmaci o agenti inquinanti.

Facendo seguito al lavoro sul biosensore per atmosfera inquinata da stirene (sostanza altamente tossica che e' prodotta nell’industrie per la produzione di gomma) tramite l’impiego dell’enzima citocromo P4502B4, sono state prese in esame altre isoforme del citocromo P450 quali ad esempio il citocromo P4501A2. In particolare si e’ studiato un prototipo di biosensore per determinare la concentrazione nel sangue di clozapina tramite l’impiego di cromoamperometria. Queste ricerche sono particolarmente utili e promettenti per il controllo e la qualità dell’ambiente e la diagnostica sanitaria.


Numerose collaborazioni scientifiche sono da tempo in atto, o state condotte, negli ultimi anni con i seguenti centri di eccellenza tutti di prima grandezza su scala mondiale:


Particolare menzione va infine data all’accordo permanente in atto con Max Planck Society (Germania) per la realizzazione di un forum annuale su scala mondiale sulle “Nanotecnologie”, oramai alla sua settima manifestazione dopo le sei già svolte a Portoconte nel Settembre di ogni anno nell’ambito di un accordo col Consorzio 21.